退役後 ，回家吃饭瓜迪奧拉受邀擔任巴薩B隊主教練 ，瓜迪帶領巴薩B隊升入西丙。奥拉2008年6月5日，巴萨把亚拉波爾塔與執教時間僅為1年的回家吃饭瓜迪奧拉正式簽約 ，接替裏傑卡爾德成為巴薩一線隊主教練 。瓜迪因職業生涯晚期經曆了諸多前所未有的奥拉磨難 ，瓜迪奧拉有著異於常人的巴萨把亚沉穩老練 ，能夠以主帥身份率領巴薩攀登高峰 ，回家吃饭則恰恰因為他已擁有很多非凡閱曆 。瓜迪
瓜迪奧拉接手的奥拉這支巴薩 ，是巴萨把亚“夢三期” ，人員配置上，回家吃饭瓜迪奧拉繼承了裏傑卡爾德打下的瓜迪根基 ，普約爾 、奥拉皮克、阿爾維斯 、布斯克茨 、哈維 、伊涅斯塔 、亨利 、埃托奧 、梅西等人構成了主力陣容；戰術上 ，瓜迪奧拉也基本沿襲了裏傑卡爾德後期的風格 ，還給這支巴薩帶來了非常先進的tiki-taka理念 ，就地反搶等戰術配合 。當時的巴薩 ，每一次傳球都有很強的目的性 ，不隻是為了躲避對方的逼搶 ，更是為了能夠更好的發動下一次進攻，這些都讓那支巴薩變得無人能擋 。
2008/09賽季是瓜迪奧拉執教的第一個賽季 ，他率隊成就西甲 、國王杯和歐冠的“三冠王” 。2009/10賽季 ，他又率隊奪取西班牙超級杯冠軍 、歐超冠軍以及世俱杯 ，完成世界足壇絕無僅有的“六冠王”偉業 。2010/2011賽季率隊連續第三次奪取西甲冠軍，同時奪得歐冠冠軍 、西班牙超級杯冠軍、歐洲超級杯冠軍和俱樂部世界杯冠軍 ，完成了“五冠王” 。在2011/12賽季 ，由於瓜迪奧拉失去了對更衣室的控製 ，與高層關係不佳和球員內鬥等原因，巴塞羅那在一周內分別在聯賽負於皇馬及在歐冠被切爾西淘汰 ，瓜迪奧拉在2012年4月27日宣布在賽季結束後離任 ，理由是身體透支的太厲害，需要休息 。瓜迪奧拉執教巴薩四個賽季 ，247場比賽帶領球隊取得14個冠軍 。第一次執教豪門球隊 ，碰到挫折 ，要如何麵對 ，如何處理 ，不排除瓜迪奧拉有衝動心理 。
2013年1月16日 ，拜仁將球隊的教鞭交給瓜迪奧拉 ，雙方簽約3年，瓜迪奧拉年薪世界第二為1600萬歐元。值得一提的是 ，當時追求瓜迪奧拉的還有曼城 。執教首賽季 ，拜仁破紀錄在聯賽結束前七輪成功衛冕德甲冠軍 。可惜拜仁在歐洲冠軍聯賽四強遭遇皇馬 ，首回合 ，拜仁作客伯納烏球場以0-1落敗 ，次回合主場以0-4慘負皇馬 ，創下瓜迪奧拉執教以來最大失利。賽後 ，瓜迪奧拉的打法受到德國媒體狠批，認為擁有諾伊爾 、博阿滕 、拉姆 、蒂亞戈、穆勒、格策這樣的球員配置 ，瓜帥一味用控球打法 ，才會完敗於皇馬的快速反擊戰術 。2014/2015賽季 ，拜仁再度踢進歐冠四強賽 ，但不幸被巴塞羅那淘汰 。2015/16賽季 ，拜仁慕尼黑再次止步於歐冠四強 ，被馬德裏競技淘汰 ，拜仁在歐冠連續三年遭到西甲三強的痛擊，除了曼朱基奇之外 ，拜仁隊中也存在“反瓜聯盟” ，穆勒、裏貝裏 、小豬和格策等都表達過對瓜迪奧拉的不滿 。誠然 ，拜仁不是巴薩 ，瓜迪奧拉雖然有能力但說話分量並不能和巴薩時期同日而語 ，瓜迪奧拉以國內雙冠王 ，聯賽三連冠，三季共6座冠軍獎杯的成績結束任期 ，輾轉曼城 ，經過兩度續約，執教至今 。
2016/17賽季，瓜迪奧拉與曼城簽訂了一份為期三年的合同 ，合約期至2019年夏天 ，英媒透露瓜迪奧拉的年薪將為1500萬英鎊。瓜迪奧拉率領曼城豪取開局六連勝，但隨後球隊狀態出現起伏 ，最終曼城全賽季取得23勝9平6負積78分的成績位列聯賽第三；在歐冠聯賽八分之一決賽決賽中 ，曼城兩回合6-6戰平摩納哥 ，但因客場進球少遭到淘汰 ，這也是瓜迪奧拉執教生涯首次遭遇無冠賽季 。2017/18賽季 ，瓜迪奧拉開啟“買買買”模式，沃克 、門迪、達尼洛升級了後防配置 ，曼城英超登頂並成為英超曆史上唯一支達到100分積分的球隊 ，但是歐冠八強賽上被利物浦分別以3-0和1-2淘汰 。在2018/2019賽季 ，瓜迪奧拉再次帶領曼城奪英超冠軍 ，成為首支英格蘭的“本土三冠王”球隊。不過在歐戰，曼城被熱刺以4-4逼平 ，因作客進球不及對手而止步八強 。2019/20賽季 ，曼城丟掉英超冠軍，歐冠以1-3負於裏昂 ，連續三年止步八強 。2020/21賽季 ，曼城重奪英超冠軍 ，歐冠也曆史性打進決賽 ，但是0-1不敵切爾西丟掉了冠軍。
無論是在巴薩還是曼城，都有球星在質疑瓜迪奧拉 。亞亞-圖雷盡職盡責，被認為是世界上最好的後腰之一，但不得不說的是 ，瓜迪奧拉是他的克星 ，兩次離開球隊都是被瓜迪奧拉趕走。亞亞-圖雷一度質疑瓜迪奧拉種族歧視，後來加盟了青島黃海踢中甲 ，並幫助球隊衝超 ，圖雷說 ：“中國球迷最讓人稱道的地方在於他們懂得尊重球員 ，當我我在球場上踢球時，並不會有球迷因為我是黑人而噓我或者不尊重我 ，這比誰都不尊重的歐洲球迷要好多了！”
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