1988年歐洲杯結束後，科勒科意打滿了西德隊全部4場比賽的尔赛科勒爾回到了科隆，變得愈發成熟的场暖成夺臣他依舊是道姆手下不可或缺的棋子 。1988-1989賽季 ，心安科隆與拜仁慕尼黑之間的慰圣德甲冠軍之爭一直進行到賽季尾聲 。聯賽倒數第三輪 ，大利科隆坐鎮主場迎來與拜仁慕尼黑的冠功天王山之戰 ，在比賽開始之前 ，科勒科意科隆僅僅落後拜仁慕尼黑2分 ，尔赛但是场暖成夺臣在這場比賽中科隆1-3完敗 ，坐視南大王將雙方之間的心安積分差距拉大到4分（那時德甲還是兩分製） 。最終科隆以5分隻差收獲聯賽亞軍 ，慰圣科勒爾的大利職業生涯首冠依舊沒有到來 。賽季結束之後，冠功拜仁慕尼黑的科勒科意挖掘機開到了科隆 ，科勒爾選擇了“打不過就加入” ，轉投拜仁 。
加盟拜仁慕尼黑的首個賽季 ，科勒爾與隊長克勞斯-奧根塔勒成為球隊中位線上的搭檔，他們也幫助南大王在1990年夏天登頂德甲。科勒爾在“投敵”之後的第一年便捧起了德甲冠軍沙拉盤，而排名聯賽第二的依舊是他的老東家科隆 。在歐冠賽場上 ，拜仁慕尼黑也一路過關斬將 ，淘汰了格拉斯哥流浪者和埃因霍溫等球隊 ，殺進半決賽 ，擋在他們麵前的是老熟人荷蘭“三劍客”領銜的AC米蘭 。首回合在聖西羅，依靠著範巴斯滕的進球 ，紅黑軍團艱難的1-0取勝 。次回合來到安聯球場 ，拜仁慕尼黑依靠著施特倫茨第58分鍾的進球 ，將比賽拖入了加時賽 。加時賽第101分鍾 ，替補出場的博戈諾沃破門幫助AC米蘭總比分領先 。根據那時的賽製 ，加時賽的進球也算是客場進球 ，因此拜仁慕尼黑需要打進兩球才能晉級 。盡管拜仁的蘇格蘭球員麥金納利在第106分鍾打入一球 ，然而最終還是紅黑軍團笑到了最後 ，科勒爾和隊友們隻得飲恨歐冠四強 。那場比賽為AC米蘭打進關鍵進球的博戈諾沃 ，在多年以後不幸患上漸凍人症 。AC米蘭兩次組織義賽為其籌款 。可惜的是 ，雖然與病魔頑強鬥爭，但博戈諾沃還是在2013年不幸去世 ，享年49歲 。
1990年意大利之夏 ，貝肯鮑爾再一次將科勒爾選入聯邦德國陣中 ，不過在1988年歐洲杯之後 ，科勒爾已經不是西德防線上的絕對主力。他的首發位置被老搭檔布赫瓦爾德 、俱樂部隊友克勞斯-奧根塔勒和效力於意甲羅馬隊的托馬斯-貝特霍爾德占據 。小組賽 ，西德隊盡管4-1擊敗南斯拉夫 ，5-1橫掃阿聯酋 ，末輪又1-1戰平哥倫比亞 ，進而昂首頭名出線 ，但是每場比賽都有丟球還是讓主帥貝肯鮑爾十分不滿 。在1/8決賽上 ，西德隊又與老對手荷蘭遭遇 ，於是這一次貝肯鮑爾又將陣型改回了重視防守的532，科勒爾被啟用出任三中衛居左的位置 ，他的搭檔則是奧根塔勒和貝特霍爾德 。在這屆世界杯上 ，歐洲冠軍荷蘭隊遭遇了嚴重的內訌影響 。範巴斯滕和古利特都對球隊主帥本哈克十分不滿 ，球隊在小組賽麵對英格蘭、埃及和愛爾蘭更是三戰皆平勉強出線 。1990年6月24日 ，這場備受期待的1/8決賽 ，在米蘭聖西羅球場打響 。
在比賽開始階段 ，西德雙前鋒克林斯曼和沃勒爾在裏傑卡爾德的盯防之下幾乎毫無作為 。然而在這之後 ，比賽卻出現了轉折 。上半場第21分鍾 ，裏傑卡爾德凶狠的鏟搶放倒了沃勒爾，這引起了德國人的不滿 ，在黑天鵝身邊喋喋不休 。裏傑卡爾德難忍怒氣，也與沃勒爾對峙理論 。目睹了衝突全程的阿根廷主裁判胡安-卡洛斯-洛斯陶向裏傑卡爾德出示了黃牌 ，然而在洛斯陶轉身之後，黑天鵝卻從身後走近沃勒爾 ，並向他的頭上吐了一口濃痰 。被徹底激怒的沃勒爾隨即衝到裁判身前投訴 ，然而由於彼時還沒有VAR或是其他視頻技術 ，洛斯陶也並未看到沃勒爾一頭卷發上的痰跡 ，誤以為沃勒爾幹擾比賽的阿根廷人 ，反而向沃勒爾出示了一張黃牌 。德國前鋒見狀也並未在過多理論 ，轉身進入禁區 ，準備爭搶這次犯規製造的任意球 。
西德後衛布雷默的主罰的任意球 ，將皮球開到後點 ，出擊的荷蘭門將漢斯-範-布魯克林撲住了這次傳球。積極爭搶頭球的沃勒爾為了躲開出擊的門將 ，不小心摔倒在了禁區之內 。這一頗似假摔的舉動 ，再一次激起了裏傑卡爾德的不滿 。黑天鵝衝到垃圾話不斷的沃勒爾身前 ，俯身訓斥對手 ，沃勒爾則佯裝再次被吐痰，掩麵倒地 。在沃勒爾起身之後 ，克林斯曼和羅納德-科曼試圖拉開衝突的兩人 ，沃勒爾又一次假裝被攻擊 ，摔倒在地 。此時再也看不下去鬧劇的阿根廷裁判洛斯陶 ，向雙方各自出示了一張紅牌平息事端 。下半場比賽中 ，被前提到後腰位置的布赫瓦爾德先後助攻隊友克林斯曼和布雷默破門 ，西德2-0擊敗荷蘭晉級八強 。本場比賽 ，範巴斯滕被科勒爾徹底盯死 ，比賽結束後科勒爾卻並沒有像當年科曼那樣得意忘形 ，而是非常紳士地安慰了曾讓自己難堪的聖馬爾科 。
對陣荷蘭時的出色表現 ，幫助科勒爾鎖定了自己在貝肯鮑爾心中的地位 ，隨後對陣捷克斯洛伐克的1/4決賽 ，貝肯鮑爾將陣型恢複為布雷默作為自由人的442陣型 ，科勒爾依舊首發出戰 。依靠著克林斯曼製造的點球 ，馬特烏斯一蹴而就幫助西德隊一球小勝 ，晉級四強。半決賽對陣另一支宿敵英格蘭 ，科勒爾再一次獲得首發出場機會 ，球隊的陣型變回了對陣荷蘭時的532 。上半場比賽 ，兩隊互交白卷 。下半場比賽第60分鍾 ，西德隊獲得禁區前右側任意球機會 。隊友一撥，布雷默重炮轟門 ，射門打中英格蘭球員腿部後變線 ，皮球被反彈出一道詭異的高拋物線 ，飛進希爾頓把守的英格蘭球門 ，布雷默幫助西德隊取得了比分領先。20分鍾後 ，萊因克爾為三獅軍團扳平比分 ，兩隊90分鍾常規賽打平 ，加時賽也無進球，被迫進入點球大戰 。點球大戰中 ，西德4人全中 ，英格蘭5人3中 ，皮爾斯和瓦德爾未能命中 ，最終總比分5-4 ，西德隊淘汰了英格蘭闖進了世界杯決賽 。
這邊西德隊氣勢如虹連戰連捷 ，那邊阿根廷卻跌跌撞撞損兵折將進入決賽 。意大利之夏的最終決戰 ，變成了1986年世界杯決賽的重演 。不過這時的阿根廷卻損失了卡尼吉亞等四名主力 ，實力嚴重受損 。但麵對著馬拉多納和布魯查加領銜的阿根廷攻擊線，貝肯鮑爾還是排出了532的保守陣型 ，科勒爾搭檔布赫瓦爾德和奧根塔勒出任球隊三中衛 。比賽中科勒爾表現出色 ，徹底凍結住了阿根廷的助攻 ，馬拉多納完全威脅不到伊爾格納把守的球門 。下半場沃勒爾在禁區內贏得點球，國米飛翼布雷默怒射破門 ，西德1-0擊敗阿根廷 ，捧起大力神杯完成複仇。科勒爾也成為了世界冠軍中衛 ，他出眾的防守能力 ，也為他贏得了“世界最佳盯人中衛”的美譽 。
載譽歸國之後 ，遭遇了嚴重進攻問題的拜仁慕尼黑在1990-1991賽季的34輪德甲聯賽中 ，僅僅打進了45粒進球。他們也將聯賽冠軍拱手相讓給了凱澤斯勞滕 ，遺憾獲得聯賽亞軍 。在德國杯上 ，拜仁慕尼黑首輪便被低級別聯賽魏因海姆淘汰 ，歐冠賽場上拜仁則又一次止步半決賽 ，這一次他們敗給了米哈伊洛維奇 、普羅辛內斯基領銜的貝爾格萊德紅星 。還好在德國超級杯上，球隊4-1大勝凱澤斯勞滕，不至於四大皆空 。在賽季結束之後 ，老大哥奧根塔勒退役 ，科勒爾則接受了意甲豪門尤文圖斯的邀請 ，前往“小世界杯”繼續磨煉自己 。
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