2013-14賽季 ，姆巴初來乍到的佩摩姆巴佩並未在球隊站穩腳跟 ，多以替補的纳哥身份代表摩納哥二隊出場10場比賽 ，打進2球 。生涯緣於兒時在父親膝下的飞冲打磨 ，姆巴佩的天转天賦逐步展現，隨即被提升到一隊。黎前2015年12月2日 ，拒绝在法國足球甲級聯賽第16輪摩納哥主場對陣卡昂足球俱樂部的温格比賽中 ，姆巴佩在比賽第88分鍾替補登場，邀请完成一線隊首秀的姆巴同時以16歲零347天 ，刷新亨利於1994年所創下的佩摩紀錄 ，成為摩納哥隊史上完成一線隊聯賽首秀最年輕的纳哥球員 。
2016年2月對陣特魯瓦的生涯比賽中 ，17歲62天的飞冲姆巴佩幫球隊在補時階段攻入一球 ，又一次打破了由亨利保持的摩納哥隊史最年輕得分手的紀錄 。此時其他俱樂部也注意到了這位法國新星 ，並密切留意著他的狀態 。隨後 ，摩納哥在3月為姆巴佩送上了一份職業合同 ，鎖住了法國未來新星 。
2016-2017賽季 ，姆巴佩徹底爆發了 。他在44場比賽中參與40個進球（26次破門+14次助攻） ，這對於一個十幾歲的年輕人來說絕對是一個驚人的數據 。2016年12月，在法國杯摩納哥VS雷恩的比賽中 ，姆巴佩上演首個杯賽帽子戲法 ，2017年2月 ，在摩納哥對陣梅斯的法甲比賽中 ，姆巴佩收獲首個聯賽帽子戲法。
尤其是在那個賽季的歐冠聯賽淘汰賽中 ，姆巴佩更是發揮閃光 。1/8淘汰賽對陣曼城 ，姆巴佩打入一球 ，次回合對戰曼城的比賽，姆巴佩再次得分 ，最終幫助球隊淘汰曼城殺入八強 。1/4淘汰賽 ，兩回合對戰多特的比賽中 ，姆巴佩一人打入3個進球，最終幫助摩納哥以總比分6-3的成績晉級歐冠半決賽。對戰尤文的兩回合半決賽，雖然摩納哥最終被淘汰 ，但是打入了兩回合比賽中摩納哥隊的唯一進球 。在歐冠淘汰賽階段 ，姆巴佩打入6個進球。
鑒於在2016-2017賽季的出色發揮 ，姆巴佩也在2017年的夏窗得到了諸多豪門球隊的邀請 。阿森納就是其中之一，但是姆巴佩拒絕了溫格 ：“我和溫格見了麵，他是一位偉大的主教練 。他在法國有很高的聲譽，很受人尊敬 。溫格知道如何培養年輕球員。阿森納對我來說真的是一個選擇 。我很少見過輿論評價這麽一致的教練 ，而溫格就是這麽一位主帥 ，同時他還是很有涵養的紳士 。在我轉會巴黎前 ，他曾經與我有過聯係，問我有沒有轉戰英超的興趣，但我拒絕了 。而當我覺得他會因此惱火時 ，溫格卻說支持我的決定 。”
皇馬也對姆巴佩虎視眈眈 ，但是最終姆巴佩選擇了巴黎：“我們衡量了所有俱樂部的利弊 ，我的家人告訴我必須由我自己來做決定 。我花了很長時間來做決定 ，我最終決定來到這裏（巴黎） ，是為了我進一步的發展 。”為了得到姆巴佩 ，巴黎也花費了巨大的代價，給了摩納哥一份租借外加1.8億歐元強製買斷的合同 。
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