2008-2009賽季結束後 ，博努博努奇結束租借回歸國際米蘭 ，奇交奇球但是易离國米並不打算留下他 ，博努奇再次充當交易的开国棋子。2009年7月1日 ，米换國際米蘭宣布博努奇 、两传拉诺拉阿誇弗雷斯卡 、搭档博爾佐尼和梅吉奧裏尼等四名球員轉會到熱那亞 ，基亚以此簽下了熱那亞的文图迭戈-米利托和蒂亞戈-莫塔 。根據熱那亞和國際米蘭的博努財務報告顯示，博努奇當時是奇交奇球被估價為300萬歐元 。
盡管國際米蘭放走了博努奇 ，易离但是开国他們換來了迭戈-米利托和蒂亞戈-莫塔兩名傳奇球星 ，眾所周知 ，米换迭戈-米利托和蒂亞戈-莫塔後來為國際米蘭立下赫赫戰功 ，两传拉诺拉成為藍黑軍團奪得2009-2010賽季三冠王的重要球員 。然而 ，熱那亞簽下博努奇後 ，以共同所有的形式又將博努奇送到當時的意甲球隊巴裏 ，也就是將一半的所有權賣給巴裏 ，交易價格是175萬歐元 。
博努奇在巴裏與拉諾基亞組成後防搭檔，當時巴裏的主教練正是後來執教過意大利國家隊的文圖拉 ，博努奇在文圖拉治下逐漸成長 ，形成了一種沉穩而強硬的防守風格，他和拉諾基亞的中後衛組合非常穩固，2009-2010賽季 ，巴裏一度是意甲失球數第二少的球隊 ，但是拉諾基亞在賽季中期受傷，博努奇撐起球隊的後防線 ，他在2009-2010賽季打滿了38輪聯賽 ，貢獻了1個進球和1次助攻 。
博努奇憑借著在巴裏的出色表現 ，受到了時任意大利國家隊主帥裏皮的征召 。2010年3月3日 ，在意大利對陣喀麥隆的熱身賽中 ，博努奇上演了他在意大利隊的首秀 ，博努奇成為了為數不多的從未代表過意大利國青隊出戰正式比賽 ，而直接上演意大利國家隊首秀的球員。2010年夏天的南非世界杯 ，博努奇入選了意大利隊大名單 。然而，意大利在2010年世界杯的表現極為糟糕 ，小組賽僅2平1負提前出局，博努奇在這三場小組賽中都是枯坐板凳，沒有獲得出場機會 。
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